Компания Korilog предлагает новую технологию – устройство KLAST, продукт ее совместной деятельности с группой «Genscale» исследовательского центра «Inria» города Ренн. Преимущество новой технологии: быстрое и точное исследование сходства биологических последовательностей (ДНК, РНК, протеин), специальное разработанное для обработки большого количества данных, произведенных устройствами циклового управления нового поколения (Next Generation Sequencing).
«Ключевая проблема исследования сходства между банками биологических последовательностей заключается в том, чтобы суметь значительно сократить время выполнения исследования, сохраняя при этом высокое качество полученных данных» -объясняет Патрик ДЮРАН, директор компании Korilog. « Аппарат KLAST не только отвечает этим требованиям, но, более того, его инновационное внедрение осуществляется на основе существующей ИТ-инфраструктуры лабораторий. В самом деле, ускорение достигается без дополнительных аппаратных устройств, поскольку KLAST использует все преимущества многоядерных процессоров, доступных в обычных настольных компьютерах или системных блоках». Результаты использования KLAST показали ускорение в 24 раза по сравнению с BLAST, исходным используемым устройством. Эти результаты были получены в результате вращения двух алгоритмов на восьмиядерном Apple Mac Pro, в процессе сравнения 2 327 белков подвида черного тополя Populus trichocarpa, и 2,9 млн. белков, хранящихся в банке данных NCBI RefSeq. Если сравнивать KLAST с BLAST и SSearch, KLAST обладает не меньшей чувствительностью и выборочностью, чем эти исходные устройства.
По словам Доминика ЛАВАНЬЕ, руководителя исследовательской группы «Genscale», передача аппарата KLAST такой высокотехнологичной компании, как Korilog, является очень полезным и важным для его группы. «Это позволяет нам непосредственно способствовать дальнейшему прогрессу в развивающихся биологических областях, начиная от здравоохранения до сельского хозяйства и окружающей среды», сказал он. « И поэтому отзывы конечных потребителей очень ценны и важны для того, чтобы KLAST оставался лидером среди исследовательских аппаратов».
Для того, чтобы предоставить исследователям современную платформу для исследования сходства биологических последовательностей, аппарат KLAST был интегрирован в серию графических устройств ngKLAST Korilog, и в плагин для платформы анализа данных KNIME. В результате пользователи смогут воспользоваться как ускорителем KLAST, так и функциями расширенного анализа данных из двух главных платформ, KNIME либо ngKLAST. С помощью этих программных решений KLAST можно использовать как он-лайн, так и через удобный графический интерфейс, начиная с отдельных рабочих станций и заканчивая системными блоками, которые оснащают крупные научные центры.
Области применения этой новой технологии охватывают все аспекты сравнения сходства последовательностей в сфере здоровья, производства продуктов питания, биозащиты, окружающей среды и биотехнологий.